2006年11月8日，国家税务总局发布《个人所得税自行纳税申报办法(试行)》(国税发[2006]162号)，由此拉开了我国个人所得税自行纳税申报的序幕。个人所得税自行纳税申报从启动、制度设计、执行，到事后监督等过程均存在诸多法律问题值得探讨。
一、对个人所得税自行纳税申报制度的整体评价
早在1980年颁布的《个人所得税法》中就明确规定，“个人所得税，以所得人为纳税义务人，以支付所得的单位为扣缴义务人。没有扣缴义务人的，由纳税义务人自行申报纳税。”因此，我国广义的个人所得税自行纳税申报从建立个人所得税制度伊始就已经存在。只是由于这一制度仅仅针对特别情形，只有个别纳税人需要进行申报，而且申报的目的是为了纳税，因此并未引起社会的关注。2005年12月19日国务院修订后的《个人所得税法实施条例》明确规定，年所得12万元以上的纳税人要进行纳税申报。由于这一规定涉及的纳税人数量较多，而且该纳税申报的目的并不是要求纳税人履行纳税义务，而是要求纳税人履行程序性义务，因此引起社会广泛关注。本文所探讨的个人所得税自行纳税申报制度就是指自2007年度开始实施的个人所得税自行纳税申报制度。
个人所得税自行纳税申报实际上是我国个人所得税从分类所得税制向分类综合相结合的所得税制转变的奠基性制度，也可以称为前奏性制度。中共十六届三中全会通过的《中共中央关于完善社会主义市场经济体制若干问题的决定》明确提出，“改进个人所得税，实行综合和分类相结合的个人所得税制”。个人所得税模式的转换是一个复杂的系统工程，不能仅仅通过立法来实现。分类综合相结合的所得税制实施的一个前提性的制度是全体纳税人进行纳税申报。我国的个人所得税一直实行代扣代缴制度，全国真正亲自进行纳税申报的纳税人不多。因此，要求全体纳税人自行纳税申报在短期内难以实现。年所得超过12万元的纳税人进行纳税申报就是实现全体纳税人自行纳税申报的一个奠基性的制度选择。由于涉及纳税人数量不大，这一制度实施的成本相对较小。通过少数纳税人的示范作用，可以让全体纳税人了解个人所得税制度，为将来实行全体纳税人进行纳税申报的制度奠定基础。因此，从我国个人所得税制模式转型的角度来看，个人所得税自行纳税申报制度是功不可没的。
个人所得税自行纳税申报制度对于提高国民的纳税人意识具有不可估量的作用。个人所得税是所有税种中最能提高国民纳税意识的一个税种，因为它属于直接税，而且是直接针对个人征收的。它可以让普通国民真正感受到国家税权的存在，感受到自己作为纳税人的存在。但是，由于我国个人所得税制度设计的问题(几乎全部采取代扣代缴制)，使得我国的国民实际上并没有真正感受到国家税权的存在，没有真正感受到自己作为纳税人的存在。个人所得税自行纳税申报制度在很大程度上弥补了这一缺陷。
二、个人所得税自行纳税申报启动中的法律问题
法不溯及既往，是法治以及法律制度设计的一个基本原则。我国个人所得税自行纳税申报制度的启动在某种程度上存在溯及既往的问题。2005年10月27日第十届全国人民代表大会常务委员会第十八次会议修改后的《个人所得税法》第八条明确规定，“个人所得税，以所得人为纳税义务人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。个人所得超过国务院规定数额的，在两处以上取得工资、薪金所得或者没有扣缴义务人的，以及具有国务院规定的其他情形的，纳税义务人应当按照国家规定办理纳税申报。扣缴义务人应当按照国家规定办理全员全额扣缴申报。”2005年12月19日国务院修订后的《个人所得税法实施条例》第三十六条规定，“纳税义务人有下列情形之一的，应当按照规定到主管税务机关办理纳税申报：(一)年所得12万元以上的;(二)从中国境内两处或者两处以上取得工资、薪金所得的;(三)从中国境外取得所得的;(四)取得应纳税所得，没有扣缴义务人的;(五)国务院规定的其他情形。年所得12万元以上的纳税义务人，在年度终了后3个月内到主管税务机关办理纳税申报。纳税义务人办理纳税申报的地点以及其他有关事项的管理办法，由国家税务总局制定。”从法律形式来看，我国自2007年度开始就2006年度的所得进行个人所得税自行纳税申报并不违反法不溯及既往的原则，因为法律和行政法规都是在2006年度开始之前就作出了明确规定。
由于种种原因，国家税务总局2006年11月8日才正式发布《个人所得税自行纳税申报办法(试行)》，个人所得税自行纳税申报制度才开始为社会所关注和了解。虽然从形式上来看，个人所得税自行纳税申报从2007年1月1日才正式开始，国家税务总局的文件在该日期之前发布仍然符合法不溯及既往的原则，但从实质角度来看，由于个人所得税自行纳税申报的对象是上一纳税年度的所得，溯及既往的现象非常明显。从制度的执行效果以及纳税人权利保护的角度来看，应当坚持对纳税人有利的变更可以溯及既往，对纳税人不利的变更则不能溯及既往。个人所得税自行纳税申报显然加重了纳税人的负担，因此，应当严格限制溯及既往原则的适用。
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