为规范商贸企业增值税的征收管理，自2004年8月1日起，对新办商贸企业一般纳税人实行新的认定管理办法。
(一)对新办商贸企业一般纳税人实行分类管理
1、对新办小型商贸企业改变目前按照预计年销售额认定增值税一般纳税人的办法。新办商贸企业必须自税务登记之日起，一年内实际销售额达到180万元，方可申请一般纳税人资格认定。
(1)新办小型商贸企业在认定为一般纳税人之前一律按照小规模纳税人管理。
(2)一年内销售额达到180万元以后，税务机关对企业申报材料以及实际经营、申报缴税情况进行审核评估，确认无误后方可认定为一般纳税人，并相继实行纳税辅导期管理制度(以下简称辅导期一般纳税人管理)。
(3)辅导期结束后，经主管税务机关审核同意，可转为正式一般纳税人，按照正常的一般纳税人管理。
2、对设有固定经营场所和拥有货物实物的新办商贸零售企业以及注册资金在500万元以上、人员在50人以上的新办大中型商贸企业在进行税务登记时，即提出一般纳税人认定资格认定申请的，可认定为一般纳税人，直接进入辅导期，实行辅导期一般纳税人管理。
辅导期结束后，经主管税务机关审核同意，可转为正式一般纳税人，按照正常的一般纳税人管理。
对经营规模较大、拥有固定的经营场所、固定的货物购销渠道、完善的管理和核算体系的大中型商贸企业，可不实行辅导期一般纳税人管理，而直接按照正常的一般纳税人管理。
(二)对新办商贸企业一般纳税人资格认定的审批管理
对申请一般纳税人资格认定的新办商贸企业，主管税务机关应严格按照一般纳税人认定标准、程序对申请资料进行审核。要与有关人员进行约谈并且派专人(两人以上)实地查验。未经实地查验或查验情况与申请资料不符的，不得认定为一般纳税人。
1、 案头审核
对商贸企业一般纳税人资格认定申请全部资料进行认真审核，审核其资料是否齐全准确。
2、约谈
约谈的根本目的是通过与约谈对象的直接交流，了解印证纳税人的相关情况，以确认其是否为正常经营户。
与企业法定代表人约谈，应着重了解企业登记注册情况、企业章程、组织结构、决策的程序、管理层的情况、经营范围及经营状况等企业的整体情况。
与企业出资人约谈，应着重了解出资人与企业经营管理方面的关系。
与主管财务人员约谈，应着重了解企业的银行账户情况、企业注册资金及经营资金情况、销售收入情况、财务会计核算情况、纳税申报和实际缴税情况。
与销售、采购、仓储运输等相关业务主管人员约谈，了解企业购销业务的真实度。
对于约谈的内容，要做好记录，并有关于约谈的人员签字。
3、实地查验
实地查验是印证评估疑点和约谈内容的重要过程。实地查验时需两名(或两名以上)税务人员同时到场。
查验内容包括：营业执照和税务登记证、企业经营场所的所有权或租赁证明、原材料和商品的出入库单据、运费凭据、水电等费用凭据、法定代表人和主要管理人员身份证明、财务人员的资格证明、银行存款证明、有关机构的验资报告、购销合同原件及公证资料、资金往来账等。
在实地查验中，要认真核实区分商业零售企业、大中型商贸企业、小型商贸企业和生产企业。除按照上述查验内容全面核查外，对生产企业要特别检查有无生产厂房、设备等必备的生产条件;对商贸零售企业要特别检查有无固定经营场所和拥有货物实物;对大中型商贸企业要特别核实注册资金、银行存款证明、银行账户及企业人数。
(三)辅导期的一般纳税人管理
一般纳税人纳税辅导期一般应不少于六个月。在辅导期内，主管税务机关应积极做好增值税税收政策和征管制度的宣传辅导工作，同时按以下办法对其进行增值税征收管理：
1、对小型商贸企业，主管税务机关应根据月谈和实地核查的情况对其限量限额发售专用发票，其增值税防伪税控开票系统最高开票限额不得超过1万元。专用发票的领购实行按次限量控制，主管税务机关可根据企业的实际年销售额和经营情况确定每次的专用发票供应数量，但每次发售专用发票数量不得超过25份。
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